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合肥工业大学农产品加工研究院师资队伍为主要研究团队,研究方向包括农作物功能基因分离鉴定、表达调控机制与作物遗传改良、禽畜类动物功能基因组学、农产品功能成分分离分析及应用新方法、畜产品深加工及品质光谱快速分析、天然产物化学、功能食品及其加工、食品微生物代谢调控及生物质原料发酵利用、真菌学与资源微生物学等,涵盖农产品及加工上、下游主要技术环节。研究中心也与宣城校区“化工与食品加工系”,“机械工程系”,“信息工程系”和“基础部”,以及合肥校本部食品科学与工程学院科研人员有着密切的合作。